1869'da İstanbul Üsküdar'da doğdu. Babası iyi bir hânende olan İsmail Zühdü Bey'in evindeki mûsiki toplantılarında Hacı Ârif Bey, Medeni Aziz Efendi gibi üstatlarla tanıştı; küçük yaşta keman ve usul öğrendi. Askêrî Tıbbiye'den 1892'de tabip yüzbaşı olarak mezun oldu; uzun yıllar hekimlik yaptı, “Kınalı Doktor” olarak anıldı.
Türk müziği nazariyatının kurucularından biridir. 1913'te Hüseyin Sadeddin Arel ve Rauf Yektâ ile birlikte Türk müzikolojisi çalışmalarına katıldı; Salih Murat Uzdilek'in de katılımıyla Türk müziği ses sistemini belirleyen “Arel-Ezgi-Uzdilek sistemi”ni ortaya koydu. 1932'den itibaren on beş yıl boyunca İstanbul Belediye Konservatuvarı'nda eski eserleri tespit ve tasnif etti; Nâyî Osman Dede'nin Mi'râciyye'sini günümüze kazandırdı. Beş ciltlik Nazarî Amelî Türk Musikisi temel başvuru eseridir.
12 Nisan 1962'de vefat etti ve Zincirlikuyu Mezarlığı'nda yakın arkadaşı Hüseyin Sadeddin Arel'in yakınına defnedildi.